Európania vymysleli softvér na 3D modelovanie buniek

Fínski a nemeckí vedci a vývojári vytvorili open-source softvér pre biológov, ktorý umožňuje 3D vizualizáciu snímaných obrázkov a analýzu obrovského množstva dát. Tvrdia, že ich softvér je rýchlejší ako čokoľvek, čo tu bolo doteraz.

Softvér s názvom BioImageXD navrhol a vyvinul tím mikroskopistov, biológov a softvérových inžinierov z fínskych univerzít v Jyväskylä a v Turku a z Inštitútu Maxa Plancka v nemeckých Drážďanoch. Na projekte však spolupracovali aj ďalší ľudia.

Tím začal na projekte pracovať pred desiatimi rokmi. Za ten čas sa vďaka širokej spolupráci softvér niekoľkokrát zmodernizoval a optimalizoval.

Projekt bol financovaný grantom zo siedmeho rámcového programu EÚ, ktorý slúži na podporu excelentnosti vedy. Výsledok bol tiež prezentovaný v časopise Nature Methods.

Biológia a biomedicína sa rozvinula aj vďaka novým špecializovaným mikroskopom, ktoré zdokonalili zobrazovanie buniek a tkanív. Problém bol, ako tieto mikroskopické obrázky transformovať do 3D modelov. Vedci taktiež potrebujú pracovať s veľkými numerickými hodnotami, ktoré musia aplikovať v matematických kalkuláciách a vytvárať rozsiahle datasety.

BioImageXD pomáha vedcom vytvárať úplne nové analytické metódy, spracovávať súčasne veľké množstvo obrázkov a analyzovať milióny molekúl. Podľa autorov softvéru, je BioImageXD je rýchlejší a citlivejší ako čokoľvek, čo tu bolo predtým.

Softvér napríklad umožňuje sledovať , ako sa pohybujú molekuly po povrchu buniek a ako sa spolu spájajú. Je výborným nástrojom pre biozobrazovanie, ktoré má široké uplatnenie v rôznych vedných odboroch. Softvér taktiež napríklad umožňuje skúmať v 3D prostredí rozšírenie rakovinových buniek a vplyv rôznych liekov a vírusov na tieto bunky.

Dôležitou výhodou softvéru je podľa jeho autorov aj open-source, ktorý umožňuje jednoduchý prístup pre všetkých vedcov.

Leave a Comment

REKLAMA

REKLAMA